C'est le petit-fils de Frédéric Barberousse.
Son père, Henri VI mourut en 1197 et l'impératrice, sa mère en 1198 alors que Frédéric II n'était encore qu'un enfant.
Il était seulement roi de Sicile mais son royaume était sous la tutelle du pape Innocent III jusqu'à sa majorité.
On raconte que Frédéric lisait neuf langues, qu’il était un mécène des sciences et qu'il gérait son État d'une manière radicalement nouvelle : d’où son surnom de Stupor Mundi, « l'émerveillement du monde ».
Il fut excommunié deux fois. Le pape Grégoire IX alla même jusqu'à l'appeler l'Antéchrist.